Есть несколько вариантов. У 2006 версии бранчинг довольно неплохо объединяет разнополые объекты. Тогда как у 9й версии все объекты приводятся к полу первого объекта.

А тут еще и Псица с присутствием почти отсутствия бранчинга (в Вилкомовском понимании)... В общем уже довольно долгое время делаю все что можно в ручную. Ну не совсем 100%, есть возможности автоматизации.
Давайте разберемся в том как работает бранчинг (весьма в упрощенном варианте). Примером возьмем контур листика и прожилки.
Ну с контуром все понятно и с главной прожилкой. Начинаем Run у основания листочка, общелкиваем контур его и заканчиваем в точке где начали. Конец первого объекта. Оно же начало главной прожилки. Начинаем в основании листика и заканчиваем... а вот тут есть масса вариантов. Но что будет делать Вилком, чтобы избавиться от протяжек? Да ничего особенного. Тут будет смесь nesting, изменения начала-конца и backtrack. На примере прожилок будет происходить следующее. Центральная прожилка (скажем 20 стежков), прошьется на 5 стежков, затем возьмется ваша веточка и прошьется она, дальше Вилком добавит backtrack и вернется в место стежка 5. Дальше еще 5 стежков, опять веточка, backtrack и т.д. пока все 20 стежков прожилки не прошьются. Дальше backtrack уже центральной прожилке и дело в шляпе.
Теперь как это можно сделать разными путями.
Самый простой (а-ля Псица): делаем Run до места начала ответвления. Дальше делаем веточку-ответвление. А теперь упрощаем себе жизнь и нажимаем backtrack. Теперь продолжаем нашу прожилку до следующего ответвления и т.д. до самого конца прожилки. А из конца прокладываем Run обратно к основанию листика. Плюсы: если надо что-то добавить, то можно вклинить между объектами. Минус: дюже много мелких объектов. Плюс: больше 2х раз нигде не проходим.
Вариант по-сложнее: Контур листика - один объект. Дальше рисуем всю прожилку центральную (от основания до конца), после этого пририсовываем веточки. Выделяем проожилку и веточки и бранчуем, указывая начало и конец у основания листика. Плюс: быстро. Минус: могут быть места с больше чем двумя проходами. Минус: чтобы что-то вклинить нужно либо разбранчевывать и добавлять объект, либо re-shape врисовывать дополнение.
Вариант заумный, но действенный, но желательно, чтобы после него уже ничего бы и не менять, а то придется переделывать. Но если набить руку, то времени займет не много. Но нужно знать как работает Stitch Edit. Потому как вы его еще не учили, то объяснять не буду. Ждите и будет вам щастя. И еще один минус: объекты вклеенные должны иметь начало-конец в начале. Ну в общем когда дойдете в уроках до этого то поймете о чем я.
Вот в принципе и все пути бранчинга или "избавление от протяжек".
Главное расположить свои объекты ну хоть в первом приближении в нужном порядке и чтобы они соединялись или пересекались хотя бы в одной точке.
Прострочки можно делать под объектами, если верхний объект не слишком реденький и нижней нитки не будет видно. Если уж совсем реденько то можно попробовать проложить строчку по контурам других объектов или сделать протяжку и потом ее просто обрезать. Чем длиннее протяжка - тем легче ее обрезать.